La Struttura organizzativa della VDL è organizzata su tre principali entità operative: il Centro di Servizio del Sistema Bibliotecario di Ateneo, l’ufficio Amministrativo del MUSA e l’Ufficio Bibliografico di Ateneo, a cui si affiancano, per il momento, l’Ufficio Biblioteca del Dipartimento di Giurisprudenza e l’Ufficio Biblioteca del Dipartimento di Lettere e Beni Culturali entrambi in possesso di volumi antichi e di pregio.